Morpheus给了Neo两个胶囊，一个是real，一个是cool。Neo犹豫了一下吞下了前者，然后从matrix中苏醒，发现自己身上长满了洞。后来法国佬Merovingain问Morpheus世间一切的原因是什么，Morpheus回答说是choice,法国佬笑了，说他只相信cause和consequence，你们人类太傻太天真。

其实没错，一切都在循环往复地上演，三部曲讲的不过是matrix完成第六次升级时所发生的一些故事和小插曲。Matrix其实就是机器人的电池，只不过它也存在或大或小的bug，比如意识觉醒的人类，比如逃避删除的程序。所以为了维护系统的运营，它需要定时地来一次清洗和重启，而这个重启需要一系列的程序，先知Oracle的引导（Oracle的预知能力都是通过电脑精确的计算算出来的，如果没有她的引导，事情也不一定会发生），The One 的出现，专门负责收集逃避删除的程序的法国佬，带领Neo来到resource 的Keyman，还有与Neo对抗的Simith，当然在Matrix 完成升级的时候也伴随着Zion再一次的毁灭。

与前五次升级的不同在于，Neo在Architect给他两个选择的时候他选择去救Trinity，也就是又回到了经典的主题，爱。不过在导演眼里，爱并不只是存在于人与人之间，程序和程序，机器和机器，甚至机器和人类之间也可以相爱，就像Neo和Trinity，当然这也是Oracle一手引导的。

基本上，如果说Architect是Matrix世界的独裁者的话，那么Oracle就是一个革命者，那么Neo就是那个下地狱的勇士，也就是一个殉难者的角色。

Matrix讲的就是人类文明衰落，机器文明占领统治地位的故事。就像人类一步一步地升级自己的生产工具，Matrix也在一步一步地自我更新和升级。但“人类中心论”让人类文明最终走向衰落，机器文明未来又会何去何从？用Oracle说的一句话，everything that has a beginning has an end。